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登上Cell | 碧迪单细胞助力揭示胎脑发育形态完整及损伤修复机制

胎脑发育
2024/08/21
234

BD Rhapsody™ 单细胞

助力揭示

胎脑发育形态完整及损伤修复机制






Microglia(MG),大脑驻留巨噬细胞,在整个生命周期中对维持大脑发育及循环起到非常重要的作用。MG在大脑中行使免疫细胞功能,调节神经元数量、突触发育及细化、髓鞘成熟、突触传递、神经元兴奋性等作用。因此MG的功能异常几乎与所有的脑部病变相关,如大脑发育障碍,神经退行性疾病等。最近的一些MG单细胞转录组测序结果表明,MG在发育、衰老和神经退行性病变中存在不同的细胞状态及转录状态,且研究表明这种不同状态的多样性与大脑中的位置环境密切相关。但这些具有多面性的细胞(MG)在大脑中所存在的异质性如何与脑中的具体位置及细胞功能关联,目前还没有明确的结论,特别是在胚胎发育这种动态过程中,知之甚少。今天向大家分享一篇2024年2月份发表于《Cell》期刊的文章“Microglia maintain structural integrity during fetal brain morphogenesis”,利用免疫荧光、BD Rhapsody™ single-cell RNA-sequencing等方法深入阐明了胚胎 MG 和 Spp1 在形态发生过程中维持结构完整性的关键作用



01

文章亮点




本研究主要揭示小胶质细胞(MG,Microglia)在胚胎发生和产后早期大脑发育过程中,聚集在胎脑皮层边界(CSA, cortico-striato-amygdalar boundary;CSB,cortico-septal boundary)来维持脑组织形态上的完整性。主要从以下几个方向进行阐述:

1

胚胎轴突束相关小胶质细胞样小胶质细胞(ATM,axon-tract-associated microglia)聚集在主要的大脑皮层边界(CSA,CSB);


2

小胶质细胞可防止由于形态发生应激而形成空洞性病变;


3

ATM(axon-tract-associated microglia)核心因子 Spp1 有助于小胶质细胞的神经保护作用;


4

小胶质细胞和 Spp1 助力于胎脑空洞病变的快速修复,见图1。

图1



02

主要结果




1、细胞类型确认及ATM-like MG细胞在大脑皮层中的定位


通过整合分析已发表的数据集数据发现大脑皮层中存在三类MG细胞,cycling MG(橙色),non-cycling MG(紫色),embryonic ATM-like MG (绿色),见图2

图2


随后对ATM-like MG细胞在大脑中的分布进行定位,利用Cx3cr1gfp/+(标记巨噬细胞))和CD11c-EYFP小鼠模型(标记MG细胞),并利用ATM和MG共表达或单独表达的标志 物(P2Y12,IBA1,CD11c,Mac2,Clec7A,Spp1,GPNMB)来标记细胞,发现ATM- MG细胞主要聚集在胚胎大脑CSA和CSB的位置,见图3和图4

图3

图4


2、MG维持ATM聚集的大脑皮层结构的完整性,并在形态压力刺激下限制皮层空洞病变的形成


利用抑制MG细胞及髓系细胞存活的相关抗体药物(AFS98),小分子药物(PLX3397)及构建突变体(Pu.1)的小鼠模型及Csf1r△FIRE/△FIRE小鼠模型(缺少MG)来探究MG细胞对大脑皮层结构完整性的作用。在缺乏MG和髓系细胞的实验组中发现空洞会变大且病变会更严重,见图5。

图5


3、在胎脑受形态压力刺激及皮层组织损伤的情况下会诱导ATM-like MG的出现及聚集


该部分作者在缺乏下丘脑的小鼠模型及人为创造胎脑皮层损伤模型中发现CSA区域聚集了ATM-like MG细胞,见图6。

图6


4、ATM核心因子Spp1来维持皮层CSA和CSB区域结构的完整性


该部分通过敲除Spp1基因,发现会加剧CSA和CSB位置空洞的形成且该结果和PLX3307(抑制MG细胞的存活)组类似,见图7。说明Spp1主要调控MG细胞来行使维持皮层结构完整性的功能。为了再验证Spp1功能失活对胎脑中MG功能的影响,作者利用BD Rhapsody™ 单细胞平台对小鼠胎脑前脑两个时期的巨噬细胞中Spp1突变及WT样本进行了单细胞测序。具体方法如下:在小鼠胎脑前脑组织中分离CD45+的细胞进行单细胞测序,随后对巨噬细胞进行亚分类,获得7群细胞:P2ry12_high_MG,P2ry12_low_MG,BAM,Cycling_MG,PVM,ATM,Cd11a_Intravascular_Mac,见图8,并且发现Spp1在WT组中ATM群细胞高表达,见图9,因此再次验证了转录组数据及免疫荧光实验的结果,Spp1在ATM中是高表达的。接下来在对Spp1-/-组和WT组中ATM-like 细胞进行差异表达分析时发现ATM-like细胞转录相关基因下调(B2m,Gpnmb),见图10,进行通路富集分析时发现调控ATM-like细胞功能相关的基因也都下调(Lgals3,ApoE,Ftl1),及吞噬作用相关通路也下调,见图11,这个结果与之前报导的在大脑损伤及阿兹海默疾病中的研究结果一致。最后通过免疫荧光实验及其它细胞及动物实验发现MG细胞损伤修复的机制,即通过吞噬FN1(MG不表达FN1,FN1会修复并愈合伤口)来进行损伤修复。

图7

图8

图9

图10

图11


5、总结


本研究揭示了MG和Spp1在响应形态发生应激和病变时维持结构完整性的关键功能,强调了这些免疫细胞在早期大脑发育中的重要性。

本研究中单细胞测序实验部分使用了BD Rhapsody™ 单细胞平台全转录组试剂及小鼠混样标签试剂,共捕获115,256个细胞,并利用BD Rhapsody™ 单细胞生信分析流程工具来进行测序数据分析,见图12。

图12


单细胞多组学平台

BD Rhapsody™

BD Rhapsody™ HT Xpress 超通量单细胞多组学平台能够在单细胞水平对所有基因表达进行高灵敏度的检测分析,已广泛应用于肿瘤、免疫、感染、疫苗研发、细胞治疗等领域,在单细胞水平研究疾病的机制及寻找治疗靶点等,是现代生物医药研究非常重要的技术手段。


系统组成:

  • BD Rhapsody™ Scanner可视化质控系统

  • BD Rhapsody™ HT Xpress上样工作站

  • BD Rhapsody™ 8通道微孔板

  • 全转录组/靶向转录组检测试剂盒/定制试剂盒

  • Abseq蛋白检测试剂盒

  • VDJ全长分析试剂盒

  • 多样本检测试剂盒

  • BD Rhapsody™ Analysis Pipeline生信流程

  • 单细胞测序数据分析软件SeqGeq


平台优势:

  • 拥有8个样本通道,结合碧迪医疗多样本标签,一次运行中即可同时检测1-192个样本,轻松驾驭100 -1,000,000+细胞上样量

  • 核心分子标签技术,可视化实时质控,确保顶级性能表现,一次运行更可同时实现转录组、蛋白组、免疫组及多样本检测分析

  • 联合碧迪医疗流式技术,为生物医药研究提供单细胞高维整体解决方案

  • 结合碧迪医疗推出的第一台由中国自主研发、生产的“自动化单细胞基因文库制备工作站”,通过自动化、数字化和智能化的管理,简化实验流程,节约人力成本,真正实现单细胞研究领域的降本增效


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